电子显微镜的主要构成部分是：

　　电子源是一个释放自由电子的阴极，一个环状的阳极加速电子。阴极和阳极之间的电压差必须很高，一般在数千伏到3百万伏之间。

　　电子透镜用来聚焦电子。一般应用的是磁透镜，偶然也有应用静电透镜的。电子透镜的好处与光学显微镜中的光学透镜的好处是一样的。光学透镜的焦点是固定的，而电子透镜的焦点可以被调治，所以电子显微镜不象光学显微镜那样有可以挪动的透镜体系。

　　电子显微镜真空装置，真空装置用以保障显微镜内的真空状况，这样电子在其路径上不会被吸收或偏向。样品架样品可以巩固地放在样本架上。此外往来去有可以用来改变样品（如挪动、转动、加热、降温、拉长等）的装置。探测器用来收集电子的信号或次级信号。